지구상의 전쟁은 끝났지만 트랜스포머 사이의 전쟁은 끝나지 않았다. 붉은 거미는 세보탄 행성으로 돌아가 디셉티콘 군대를 데리고 지구로 돌아가 오토봇과 사투를 벌일 계획이다. 오토봇들은 메가트론의 시체가 없어진 것을 발견하고, 원래 사크 거인에게 도둑맞았고, 메가트론은 뒤이어 다시 활성화되어 오토봇을 반격하기로 결심했다. 동시에, 붉은 거미도 세보탄의 지원군을 이끌고 달려왔다. 지구 인류 사이에 살아온 오토봇들도 이때 이미 자신의 전투력을 증강시켰기 때문에 대전은 불가피하다. 소년 샘은 트랜스포머의 기원과 고대 시대의 지구 방문에 대한 단서를 파악해 디셉티콘의 추격을 받았다. 디셉티콘은 이 정보를 얻기 위해 샘을 생포하려고 했다. 오토봇, 미군 및 기타 다국적 부대가 연합하여 디셉티콘의 공격에 저항하다. 결국 인간과 오토봇은 디셉티콘을 이기고 지구는 평화를 회복했다.

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