리틀 머쉬룸은 종말의 세계를 배경으로 인간 세계가 남북 자극 장애를 겪으며 사라지고, 우주 태양풍이 지구 표면을 강타하여 사람들이 감염되면 생존할 수 없는 미래에 초점을 맞추고 있습니다. 다행히도 인간은 똑똑하고 기술적으로 진보된 존재이기 때문에 인공 자기장과 기지를 건설합니다.

이 세상의 식물과 동물은 환경의 영향을 받아 유전자가 돌연변이를 일으키기 시작합니다. 일단 식물이나 동물의 공격을 받으면 감염됩니다. 이런 환경에서 앤은 갑자기 곰팡이 버섯에 대해 알게 되었습니다. 모든 버섯은 포자를 가지고 있지만 안철의 포자는 표본을 채집하던 루 대령에게 빼앗겼습니다. 당시 안철수는 정신이 맑지 않고 혼란스러웠으며 누가 자신의 포자를 가져갔는지 알지 못했습니다.

죽어가는 야스자와를 구하고, 야스자와의 기억에 빙의하고, 야스자와의 유전자를 흡수해 버섯에서 인간으로 변할 수 있었기 때문에 야스자와는 자신의 잃어버린 포자를 찾기로 결심합니다. 반나절 동안 온 세상을 뒤지던 그는 마침내 뉴스에서 익숙한 포자를 발견합니다. 야스자와는 인간 기지에 잠입해 루자이 판사를 만나 인간들의 필사적인 저항과 생존을 목격하고, 인간을 위해 자신을 희생하기로 결심합니다.